Emmen leży na wale Hondsrug w południowo-wschodnim Drenthe, na piaszczystym gruncie, który częściowo pokryło torfowisko wysokie, później wyeksploatowane. Ta historia kształtuje okolicę: kolonie torfowe z uprawami na wschodzie, a na zachodzie i południu lasy zasadzone po to, by związać lotne piaski — Emmerdennen, Valtherbos i Noordbargerbos. To w większości sosna zwyczajna, z dębem i sporą domieszką brzozy.
Na tym ubogim piasku to brzoza jest drzewem, które dla alergików ma znaczenie, ze szczytem od końca marca do początku maja; sosny wypuszczają w maju widocznie dużo żółtego pyłku, ale wywołują niewiele objawów. Torfowiska i pola wokół miasta dają źródło traw od maja do połowy lipca, a wzdłuż kanałów i strumieni rosną olcha i wierzba, które otwierają sezon w styczniu. Emmen dzieli od Morza Północnego dobre sto kilometrów i leży tuż przy granicy niemieckiej, więc powietrze morskie rozcieńczające miasta nadmorskie rzadko tu dociera; przy wietrze wschodnim napływa za to zasilanie z lesistego Emslandu.