Leiden leży między wydmami a Zielonym Sercem i bierze coś z obu stron. Na zachodzie są Coepelduynen oraz wydmy przy Katwijk i Noordwijk, z piaskownicą i trzcinnikiem; na wschodzie zaczynają się łąki torfowe, trawa aż po Alphen i Woerden. W samym mieście stoją Leidse Hout ze starymi bukami oraz Hortus botanicus, najstarszy ogród botaniczny w Holandii.
Region kwiatowy tuż na północ od miasta bywa obwiniany niesłusznie. Tulipany, hiacynty i narcyzy są owadopylne: ich pyłek jest ciężki, przykleja się do owadów i prawie nie unosi się w powietrzu. Objawy, które ludzie dostają w kwietniu wśród pól kwiatowych, pochodzą niemal zawsze od brzóz i olch rosnących przy drogach i zagrodach. Morze jest o dziesięć kilometrów, dość blisko, by wiatr zachodni dawał zauważalnie niższy poziom. Sezon traw od maja do lipca jest tu okresem najtrudniejszym, a Zielone Serce stanowi jedno wielkie, zwarte źródło tuż na wschód od miasta.