Leiden ligt tussen de duinen en het Groene Hart, en krijgt daardoor van beide kanten iets. Naar het westen liggen de Coepelduynen en de duinen bij Katwijk en Noordwijk, met helmgras en duinriet; naar het oosten begint het veenweidegebied met gras tot aan Alphen en Woerden. In de stad zelf staan de Leidse Hout met oude beuken en de Hortus botanicus, de oudste botanische tuin van Nederland.
De bollenstreek net ten noorden van de stad wordt vaak ten onrechte als boosdoener aangewezen. Tulpen, hyacinten en narcissen zijn insectenbestuivers: hun stuifmeel is zwaar, plakt aan insecten en komt nauwelijks in de lucht. De klachten die mensen in april in de bollenvelden krijgen, komen vrijwel altijd van de berken en elzen die er langs de wegen en op de erven staan. De zee ligt op tien kilometer, dicht genoeg om bij westenwind een merkbaar lager niveau te geven. Het graspollenseizoen van mei tot juli is hier de zwaarste periode, met het Groene Hart als grote, aaneengesloten bron pal ten oosten van de stad.